Ed infine c’è la Sea Organization, così denominata dall’equipaggio originario addetto alla nave guidata dal fondatore nei primi anni di vita della Chiesa, possiede 5 sedi principali in tutto il mondo. Vi sono inoltre dei gruppi di missionari e di membri in molti dei Paesi ove Scientology è presente, che esplicano varie funzioni. Le 5 sedi si trovano ad East Grinstead (Regno Unito), Copenaghen, Los Angeles, Clearwater e Sydney. Più che altrove, in queste sedi si può toccare con mano il vero spirito della vita comunitaria, dedita al lavoro pastorale e di evangelizzazione. Benché i ministri di Scientology non siano obbligati al celibato, queste comunità ricordano, in quanto ad attività ed impegno, quelle di altre religioni, compresa quella cattolica. Coloro che appartengono alla Sea Organization aderiscono ad un severo codice etico, che include rapporti sessuali altamente etici e monogami, astinenza completa dall’uso di stupefacenti, e una dedizione totale al raggiungimento dei fini della religione.

Ovviamente, la preparazione dei ministri di alto grado, l’auditing al livello più elevato del Thetan Operante, il servizio ai più alti gradi dell’organizzazione e la responsabilità inerente al comportamento etico della Scientology in ambito internazionale, ricadono esclusivamente sotto l’autorità dei membri dell’ordine religioso Sea Organization, che si dedica esclusivamente a queste attività.